יחידת מחשב 
של המנהל לחינוך התיישבותי נותנת מענה לכלל הסוגיות הנוגעות באיפיון וניתוח צרכי משתמשי המינהל, איפיון ותכנון מערכות תקשורת, תוכנות לניתור מידע, לרבות אתר אינטרנט המארח חלק ניכר של פנימיות המינהל, תוכנות חכמות למניעת חדירות של גורמים עוינים לביצוע חבלות באתר , בנוסף מטפלת היחידה בטיפול שוטף בהתקנות של חומרה ומוצרי תקשורת הקיימים באתר המינהל לצורך חיבורו למשרדי הממשלה השונים כגון משרד האוצר, משרד החינוך, נש"מ, מל"מ וכוי.
מערך המחשוב נחלק למספר מדורים, כדלהלן:
מדור חומרה ותיקשורת- איפיון וניהול תיקשורת באתר,מענה בנושאי התקנות חומרה, טיפול בתקלות חומרה, טיפול בבעיות ברשתות האתר, אבטחת מידע ותחומים נוספים.
מדור הדרכה ותמיכה- עוסק במענה לבעיות בתחום התוכנה למשתמשי המערכת (כ 100 משתמשי מערכת פנימיים, וכ-1000 משתמשים מערכת חיצוניים בפנימיות, פרוט המערכות הר"מ:
מערכת "פורטל מוסדות" - המטפלת בכל שלבי הקליטה והמיון של חניכים למערכת החינוך ועד ליציאתם ממנה,
מערכת ניהול תוכן - cms - משמשת לניהול תוכן באינטרנט, יצירת אתרים ועיצובם.
הדרכה ליישומי ה- office והאינטרנט. המדור מקיים באופן שוטף, הדרכות בנושאים הנ"ל.
מדור תוכנה- עוסק איפיון צרכי המינהל, פיתוח מערכות לשירות המינהל, תחזוקת התוכנות ,יצירת דיווחים למקבלי ההחלטות במינהל , ולמשתמשים חיצוניים
המערכות שפותחו עבור המינהל הינם:
מערכת תמיכנט - מערכת להגשה וניהול בקשות תמיכה באינטרנט
מערכת פורטל מוסדות - מערכת למיון והשמה של תלמידי הפנימיות
מערכת לשעת חרום - מערכת לניהול כלל הפנימיות ע"י קב"ט המינהל בשעת חרום