המינהל אחראי על בתי-ספר אזוריים שש שנתיים בישובים הכפריים ומוסדות חינוך פנימייתיים ברחבי הארץ.
הוא נותן שירות מקצועי למסגרות החינוכייות הללו תוך רגישות לצורכיהם המיוחדים, לתפיסותיהם ודרך עבודתם השונה באמצעות האגפים והמחלקות השונות .