אגף התקציבים בראשותו של אברהם לוי מטפל בתקציב בהיקף של כ-3 מיליארד ₪ לשנה.
מטרות ותחומי עיסוק עיקריים:
תקציב המינהל, כולל שינויים ועדכונים של מסגרות התקציב ותכניות העבודה לפי סדרי עדיפויות ובתיאום עם המשרד הראשי.
• תכנון כלכלי, קביעת סלי תקציב וקריטריונים להקצאה.
• בקרה תקציבית שוטפת על תקציב המינהל.
• בקרה ותשלום שכר לימוד על יסודי לבתי הספר בפיקוח המינהל.
• תקצוב מוסדות החינוך.
• תקצוב דמי אחזקה למוסדות פנימייתיים בקרה ותשלום.
• תמיכות והקצבות למוסדות.
• בקרה פיננסית על מוסדות המינהל להבטחת יציבותן לאורך זמן.
• ניהול שיתוף ושימור הידע במינהל באמצעות מערכת מש"י.
• בוגרי פנימיות, בתי בוגרים וחסרי עורף משפחתי.
• שיתופי פעולה עם משרדי ממשלה וגופים אחרים. (כגון: קליטה, דתות, רווחה, תמ"ת, קרן ספרא, ג'וינט ועוד)