לצד ההתארגנות הפרופסיונאלית, רפורמת עוז לתמורה מציבה בפני המנהלים והמורים אתגר חינוכי היכול לחולל שינוי פדגוגי עמוק בדרכי ההוראה והלמידה בבתי הספר. בתי הספר המשתתפים ברפורמה צריכים להתארגן ולהיערך בצורה מעמיקה להחדרת השינוי בבתי הספר. ההיערכות כוללת היערכות פדגוגית, היערכות פיזית ומערך השתלמויות. המטמיעים, המלווים את מנהלי בתי הספר אמורים לסייע בכך.
ההיערכות כוללת איתור צרכים בית ספריים ומיפויים, ארגון קבוצות הלמידה הפרטנית, שיבוץ המורים, תכנון לימודים, עיצוב הסביבה הלימודית כולל התאמת מבנים, מעקב, בקרה והערכה.
להכרת עקרונות ההיערכות ללמידה פרטנית ראו חוברת של האגף לחינוך על יסודי:
בקרוב תכנסנה לתפקידן מדריכות שתנחנה את בתי הספר בהיערכות זו. גם המטמיעים, המלווים את בתי הספר, אמורים להדריך בנושא.
להכרת עקרונות הדיאלוג מורה-תלמיד ראה חוברת בכתובת
ניתן להיעזר ביועצות, המכירות את התכנית, לשם הכשרת המורים לדיאלוג חינוכי פרטני עם התלמידים. בכל מקרה יש להכין השתלמויות צוותיות בנושאים אלה.
להיערכות הפיזית יש לפנות, עם נציגי הבעלות, ליגאל צרפתי במינהל הפיתוח, שגם מסייע בנושא שעון נוכחות. כדאי להתרשם מהתוכניות ולהוריד את הטפסים הרלבנטיים המתפרסמים באתר:
בתי ספר ללא בעלות חיצונית צריכים לפנות לחיים ביטרן במינהל לחינוך התיישבותי.