עיקר הפעילות מתקיים באמצעות מערך מפקחי החינוך הפנימייתי וצוות מנחים רב מקצועי ובאמצעות יחידות מטה מקצועיות: המרכזייה החינוכית – המלווה ומנחה מערך נרחב של מרכזיות חינוכיות מקומיות בכל פנימייה, בתחומי התוכן החינוכי ובקידום הצוותים החינוכיים בפנימיות. היחידה לאומנויות – המקיימת פעילות אומנותית עניפה בתחומי התיאטרון, הקולנוע, המוסיקה, תזמורת פילהרמונית, מחול, שילוב אמנים בתהליכים החינוכיים בפנימיות. היחידה להנחלת הלשון – העוסקת בקידום לימודי העברית והנחלת הלשון לחניכים עולים חדשים בפנימיות. תחום איכות החיים ורווחת הפרט של החניכים בפנימייה, תחום התזונה והמטבחים ושיפור כל העת של איכות השירות ואיכות המזון. פיתוח וקידום מנהלי הכפרים ומנהלי הפנימיות. תחום הליווי ההנחייה והטיפול באוכלוסיות עולים יוצאי אתיופיה, תכניות ייחודיות לשילוב הורים בתהליך החינוכי, שילוב מקשרים עם הקהילה ובניית תכניות לחיזוק והעצמה בקרב החניכים העולים. תחום הספורט – קיום פעילות ספורטיבית עניפה טורנירים ותחרויות בתחומי ספורט מגוונים ומיוחדים וקידום חניכים מצטיינים. תחום הצוותים הצעירים בפנימיות: שילוב מורות חיילות, מתנדבי שנת שירות ובנות שירות לאומי במערך החינוך הפנימייתי. תחום הטיפול בהתנהגויות מסכנות, אלימות, סמים ואלכוהול. תכניות ייחודיות לפיתוח מנהיגות צעירה: קורס מנהיגות ירוקה, מועצת חניכי פנימייה ארצית, נאמני אמנות, נאמני גלישה בטוחה ברשתות חברתיות ועוד. תכניות מטה מרכזיות לחניכי הפנימייה: פרוייקט "ענף ירוק מעץ גדוע" – המסע לפולין של חניכי הפנימיות, תכנית בני מצווה לכלל חניכי המינהל, פרוייקט התנדבות בקרב חניכי הפנימיות, תכנית לקידום תרבות ישראל, תכניות הכנה ומוכנות לשירות צבאי, מכינות קד"צ ושירות לאומי. הקידום הלימודי: ראוייה לציון מעורבות והשתתפות צוותי החינוך הפנימייתי בקידום הלימודי של החניכים בשעות פעילות הפנימייה באמצעות הפעלת מרכזי למידה מקצועיים הפועלים בשעות אחה"צ והערב.