צוות האגף מעניק שירותים לפנימיות במגוון ערוצים: אבחון וטיפול פסיכולוגי ישירות לחניכים, הדרכה אישית וקבוצתית לעובדים הסוציאליים, ויעוץ לצוותים חינוכיים ובעלי תפקידים מרכזיים בפנימיות. בנוסף, עוסק האגף בתחומים הבאים: טיפול במצבי משבר וחירום, השתתפות בתהליך המיון והקליטה של החניכים בפנימיות, מיון רפואי בשלב הקליטה, תמיכה בשירותי הבריאות בפנימייה (כולל: ייעוץ רפואי, בדיקת חניכים, תכניות מניעה, סיוע לטיפולים שאינם כלולים בסל הבריאות), פיקוח על שירותי בריאות שבאחריות משרד הבריאות וקופות החולים, פיתוח שירותי בריאות כוללניים, והשתלמויות מקצועיות בתחומים מגוונים, כמו גיל ההתבגרות, חווית ההגירה, התמכרות לסמים ואלכוהול, אלימות נוער ועוד.